Después de unos años de descanso, partió Túpac Yupanqui por el camino del Chinchaysuyu a visitar sus dominios y pueblos a lo largo de la ruta hacia el norte, viendo la organización de sus estados y verificando la administración. Así pasó por Vilcashuamán, Jauja, Huaylas, Cajamarca y se adentró en tierras de los Chachapoyas.
Continuando con su camino, se enfrentó con cañaris que se habían aliado a los Quito. Luego de lograr una victoria, descansó en Quito y ordenó poblar la región con numerosos mitimaes, es decir gente traspuesta de otras regiones. Ahí dejó como gobernador a un anciano señor llamado Chalco Mayta. Este gobernador tenía licencia para usar andas y estaba obligado a enviarle cada luna un chasqui con noticias de Quito.

Así, llegó a un lugar llamado Surampalli donde ordenó edificar un pueblo que llamó Tumibamba, nombre de una panaca real. El sitio ameno gustó al Inca quien pasó largos años en él dando guerra a los pueblos vecinos y anexándolos al Estado.

Cierto día estando en Manta, llegaron unos mercaderes navegando a la vela en balsas. Estos mercaderes manifestaron venir de unas islas llamadas Auachumbi y Nina Chumbi. Este relato de Sarmiento de Gamboa es un tanto insólito por lo misterioso del viaje y lo es mas aún porque el inca se entusiasmó con la noticia y se embarcó con un ejército hacia las islas. No se sabe si todo aquello fue una ficción o si realmente navegó el inca a las Galápagos o más lejos aún a las Marquesas en pleno Océano Pacífico. Podría tratarse de una visión producida por alucinógenos.

La expedición duró nueve lunas y a su regreso, después de larga ausencia, tomó el Inca el camino hacia el Cusco. Túpac escogió el camino de la costa, se dirigió a Catacaos, Pacatnamú y Chimú. Lentamente avanzaba visitando los diversos pueblos y así llegó a Pachacamac desde donde se internó por Pariacaca y Jauja. Paralelamente, otro ejército avanzaba por el camino de las serranías inspeccionando a las etnias.

El arribo de Túpac Yupanqui fue festejado en grande en el Cusco. Nunca se había visto en la capital tan rico botín ni tantos prisioneros. Para la ocasión se dieron alardes de guerra y batallas rituales. Cuentan que el pequeño Huayna Cápac, de sólo cinco años, comandando un lucido ejército tomó por asalto a la fortaleza de Sacsayhuamán ante la mirada de miles de espectadores y de los tres incas Pachacutec, Amaru Yupanqui y Túpac sentados en sus tianas de oro y lujosamente ataviados.

En la plaza de Aucaypata, las momias de los pasados gobernantes presidían las ceremonias más importantes. Por un lado los miembros de Hanan Cusco y por otro los de Hurin Cusco cantaban largas melopeas en las que narraban las hazañas del pasado. Para un pueblo que desconocía la escritura era importante poder oír, ver y admirar a sus antiguos incas y conocer sus proezas. Ellos semejaban una genealogía viviente pues conservaban sus palacios, mujeres y servidores. Con estas ceremonias se reivindicaba el pasado para un pueblo ansioso de regocijos.

Pasados los festejos y ceremonias, el muy anciano inca Pachacutec adoleció de grave enfermedad y sintiéndose morir llamó a sus deudos y a las panacas reales. Según Sarmiento de Gamboa, les dijo

"Hijo, ya ves las luchas y grandes naciones que te dejo y sabes cuanto trabajo me han costado. Nadie alce los ojos contra ti que viva, aunque sean tus hermanos. A estos deudos te dejo por padres, para que te aconsejen. Mira por ellos y que ellos te sirvan. Cuando yo sea muerto, curarás de mi cuerpo y ponerlo has en mis casas de Patallacta. Harás mi bulto de oro en la casa del Sol y en todas las provincias a mí sujetas harás los sacrificios solemnes y al fin de la fiesta de Purucaya para que vaya a descansar con mi padre el sol."

Terminadas estas palabras, dice el cronista que comenzó a cantar en un bajo y triste tono palabras de su lengua, que en castellano suenan "Nací como el lirio en el jardín, y ansí fui criado, y como vino mi edad envejecí y como había de morir, así me sequé y morí."

Luego de un silencio recostó la cabeza y expiró. Así falleció uno de los más grandes personajes de la historia del Perú y América.